การวินิจฉัยและยืนยันโรคไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 ซึ่งเกิดจากไข้หวัดใหญ่ เอช 1 เอ็น 1/09 ต้องการการตรวจเยื่อซับคอหอยส่วนจมูกหรือคอหอยส่วนปากจากผู้ป่วย[61] การทดสอบแบบ Real-time RT-PCR เป็นการทดสอบที่ได้รับการแนะนำ เพราะเป็นการตรวจที่สามารถแยกแยะความแตกต่างระหว่างไข้หวัดใหญ่เอช 1 เอ็น 1/09 จากไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลได้[61]

อย่างไรก็ตาม ผู้มีอาการของไข้หวัดใหญ่ส่วนใหญ่ไม่จำเป็นจะต้องทดสอบโรคไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 โดยเฉพาะ เพราะโดยปกติแล้ว ผลการทดสอบมักจะไม่กระทบต่อแนวทางการรักษาที่แพทย์แนะนำแต่อย่างใด[62] CDC แนะนำให้ผู้ที่ควรเข้ารับการตรวจ ได้แก่ ผู้ซึ่งพักรักษาตัวอยู่ในโรงพยาบาลเนื่องจากต้องสงสัยว่าติดโรคไข้หวัด สตรีมีครรภ์ และผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่องเท่านั้น[62] สำหรับการวินิจฉัยโรคเพิ่มเติมของไข้หวัดใหญ่ นอกเหนือจากไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 สามารถพบได้ในวงกว้างกว่า ซึ่งรวมถึงการทดสอบวินิจฉัยโรคไข้หวัดใหญ่อย่างรวดเร็ว (RIDT) ซึ่งได้รับผลการทดสอบภายใน 30 นาที และการสอบด้วยวิธีการอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์โดยตรงและโดยอ้อม (DFA และ IFA) ซึ่งใช้เวลาราว 2-4 ชั่วโมง[63] เนื่องจากอัตราการผิดพลาดของการทดสอบ RIDT อยู่ในระดับสูง CDC จึงแนะนำให้ผู้ป่วยซึ่งมีอาการใกล้เคียงกับการติดไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 แต่มีผลการทดสอบ RIDT เป็นลบ ควรจะได้รับการรักษาตามการสังเกต ขึ้นอยู่กับคำแนะนำของแพทย์ โรคประจำตัว ความรุนแรงของอาการ และอัตราเสี่ยงต่ออาการแทรกซ้อน และถ้าหากต้องการตรวจสอบการติดเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่ให้ชัดเจนยิ่งขึ้น ควรจะทดสอบด้วย rRT-PCR หรือการแยกเพาะเลี้ยงเชื้อไวรัส[64]

ดร. รอนดา มีดอวส์แห่งกรมสาธารณสุขจอร์เจีย กล่าวว่า การทดสอบอย่างรวดเร็วมีโอกาสผิดพลาดระหว่าง 30-90% ไม่ว่าจะทำการทดสอบที่ใดก็ตาม เธอได้เตือนแพทย์ในประเทศมิให้ใช้การทดสอบไข้หวัดใหญ่อย่างรวดเร็ว เนื่องจากได้ผลผิดพลาดออกมาบ่อยครั้ง[65] นักวิจัย พอล เชร็คเคนเบอร์เกอร์ แห่งระบบสาธารณสุข มหาวิทยาลัยโลโยลา ยังตั้งคำถามต่อการใช้ RIDT ด้วย เขาเป็นผู้เสนอว่า อันที่จริงแล้ว ตัวการทดสอบอย่างรวดเร็วนี้อาจเป็นความเสี่ยงที่อันตรายต่อสาธารณสุขโดยรวมด้วยซ้ำไป[66] ดร. นิคคิ ชินโดแห่งองค์การอนามัยโลกได้แสดงความเสียใจที่มีรายงานว่ามีการรักษาซึ่งล่าช้าเนื่องจากรอผลการทดสอบ เอช 1 เอ็น 1 และเสนอว่า "แพทย์ไม่ควรรอการยืนยันจากห้องปฏิบัติการ แต่ควรใช้การวินิจฉัยโรคโดยใช้อาการทางคลินิกและข้อมูลพื้นฐานทางวิทยาการระบาด และเริ่มการรักษาอย่างรวดเร็ว"[67]